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长链非编码 RNA HOTAIR 在肝癌细胞中的蛋白调控网络及其分子作 用机制的研究
吴英
Subtype博士
Thesis Advisor葛峰
2018
Degree Grantor中国科学院水生生物研究所
Abstract肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)是最常见的发病率高,预后效果较差的癌症之一,迫切需要发现新的诊断或预后生物指标以及 HCC 的治疗靶点。随着高分辨率芯片技术和大规模平行测序技术的发展,许多 lncRNAs 被认为在人类 HCC 的肿瘤发生和发展中发挥着关键作用,包括长链非编码 RNA HOX 转录反义 RNA,简称 HOTAIR。已有许多研究表明 HOTAIR 可作为不同类型癌症中的致癌 lncRNA。然而, HOTAIR 在 HCC中的功能分子机制在很大程度上是未知的。本研究中,我们采用整合转录组学和定量蛋白质组学的分析方法来系统地筛选 HOTAIR 在 HCC 细胞中的潜在调控效应靶标。总共发现有 673 个转录本和 293 个蛋白质在沉默 HCC 中 HOTAIR 的表达后表达失调,这给我们提供了 HOTAIR 在 HCC 中作用机制的一个全局观点并揭示了 HOTAIR 调控作用的复杂性。然后我们进行了一系列的生物信息学分析,结果显示差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs)参与了许多的生物学过程,特别是与癌症相关的信号传导途径,包括与细胞增殖,细胞周期和细胞凋亡相关的途径。 通过定量 RT-PCR, Western 印迹法和平行反应监测(PRM)技术我们分析验证了一组 DEGs 和 DEPs,结果证明了两个组学数据的可靠性。经过进一步研究,我们发现,在各种人类癌症中,包括 HCC 中一个名为阿片类生长因子受体(Opioid growth factor receptor, OGFr)的细胞增殖负向生物调节因子在抑制 HOTAIR 的表达后显著上调。然后我们对 OGFr 的功能进行了研究,结果发现 HOTAIR 敲减后对 HCC 细胞增殖和细胞周期的影响可以通过 OGFr 的过表达来模拟, 且证明了 HOTAIR 对 OGFr 的调控是通过与 OGFr 的负转录调控因子 YBX1 的相互作用来介导的。综上我们得出结论, HOTAIR 通过与 YBX1 相互作用来调节 OGFr 的表达进而发挥其对 HCC 细胞增殖的调控作用。将组学数据与功能研究结果相关联,目前的结果提供了 HOTAIR 在 HCC 细胞中的功能机制的新见解。
Language中文
Document Type学位论文
Identifierhttp://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/39041
Collection学位论文
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GB/T 7714
吴英. 长链非编码 RNA HOTAIR 在肝癌细胞中的蛋白调控网络及其分子作 用机制的研究[D]. 中国科学院水生生物研究所,2018.
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