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副地衣芽孢杆菌fa6全基因组测序及比较基因组学分析
赵帝; 吴山功; 丰文雯
2020
Source Publication水生生物学报
ISSN1000-3207
Volume44Issue:2Pages:261
Abstract

副地衣芽孢杆菌(Bacillus paralicheniformis)FA6是一株从草鱼肠道内分离出来的细菌,其具有淀粉酶和纤维素酶等多种碳水化合物酶活性。为深入研究副地衣芽孢杆菌FA6可能的益生机制,研究通过三代测序技术测定了副地衣芽孢杆菌FA6的全基因组序列,运用生物信息学方法进行基因组组装、基因预测和功能注释。同时通过比较基因组学方法,比较分析了副地衣芽孢杆菌FA6与4株基因组序列已经发表的芽孢杆菌基因组结构和功能的差异。结果发现副地衣芽孢杆菌FA6全基因组由1条环状染色体组成,大小为4450579 bp,GC含量为45.9%。副地衣芽孢杆菌FA6基因组中含有128个蛋白酶基因, 32个脂肪酶基因和72个糖苷水解酶基因,这些基因与食物降解相关;此外,细菌基因组中还含有7个编码羊毛硫抗生素相关的基因。比较基因组结果显示,副地衣芽孢杆菌FA6与其他4株芽孢杆菌的基因组共线性关系较好,但是与地衣芽孢杆菌菌株相比,菌株FA6基因组特征更接近于副地衣芽孢杆菌菌株。副地衣芽孢杆菌FA6基因组中编码纤维素酶、半纤维素酶和淀粉酶的基因数量分别为5、7和5个,多于其他菌株,能够更好地降解植物多糖。研究结果表明副地衣芽孢杆菌FA6高度适应植物性成分,反映了该菌株在草鱼肠道中的适应性进化,该菌株可能可以作为益生菌用于水产养殖。

KeywordBacillus paralicheniformis Whole genome sequencing Comparative genomics Carbohydrate-active enzymes 副地衣芽孢杆菌 全基因组测序 比较基因组学 碳水化合物活性酶
DOI10.7541/2020.031
Language英语
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Document Type期刊论文
Identifierhttp://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/36753
Collection鱼类生物学及渔业生物技术研究中心_期刊论文
Affiliation中国科学院水生生物研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
赵帝,吴山功,丰文雯. 副地衣芽孢杆菌fa6全基因组测序及比较基因组学分析[J]. 水生生物学报,2020,44(2):261.
APA 赵帝,吴山功,&丰文雯.(2020).副地衣芽孢杆菌fa6全基因组测序及比较基因组学分析.水生生物学报,44(2),261.
MLA 赵帝,et al."副地衣芽孢杆菌fa6全基因组测序及比较基因组学分析".水生生物学报 44.2(2020):261.
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