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草鱼生长性状的QTL研究和锚首虫新种的鉴定; Studies on QTLs for Growth Traits of Grass Carp (Ctenopharyngodon idellus) and Identification of a New Ancyrocephalid Species (Monogenea)
Huang XL(黄晓丽)
Subtype硕士
Thesis Advisor夏晓勤
2017-04
Degree Grantor中国科学院水生生物研究所
Abstract草鱼,四大家鱼之一,是中国重要的经济鱼类。草鱼由于性成熟周期长,传统育种收效甚微,同时和其他经济鱼类面临相似的问题,即人工繁殖带来的种质资源退化。用分子遗传辅助育种和传统育种相结合的方式,寻找草鱼生长相关的分子模块及耦合方式,可大大地缩短良种选育周期,选育出生长速度快、高产、高质的草鱼品种,促进中国草鱼养殖业的健康发展。由于鱼类有着数量大且全同胞群体易得的优势,因此遗传连锁图谱的构建及QTL的定位成为经济鱼类研究中广泛使用的手段。QTL定位的准确度依赖于群体的选择以及连锁图谱的密度两方面。 为了获得生长性状更为优良的亲本组合,本文通过对23对亲本和其5331尾混交的子代进行性状测量及亲子鉴定,筛选出一对具有优良生长性状的亲本,并获得其全同胞群体。通过对两个亲本及其F1家系的100个子代进行2b-RAD简化基因组测序,构建了草鱼的高密度遗传连锁图谱。最后结合生长相关表型性状(体重、体长、体全长、体宽)进行QTL定位和GWAS的关联分析。 目前的草鱼遗传连锁图谱密度较低,构建高密度的遗传连锁图谱,一方面可以为草鱼染色体的组装和全基因组的升级提供有力证据,另一方面,也可以将相关性状定位于更精细的区域,便于后期关联基因的查找与分析。本文构建的性别平均遗传连锁图谱包含24个连锁群,4582个SNP位点,总长度为1832.28cM,标记平均间隔为0.4cM,标记最多的连锁群为lg7有289个标记,最少的为lg20有124个标记。在雄性图谱中,2,518个SNP分布在1403.57cM的图谱中,标记间的平均间隔为0.56cM ,标记最多的连锁群为lg1有171个,最少的为lg13有60个。雌性图谱中 2,309个SNP分布在1496.17cM 的图谱中,标记间的平均间隔为0.65cM ,标记最多的连锁群为lg7有179个标记,最小的为lg23有48个标记。相较于一代的遗传连锁图谱,本图谱在标记数和标记密度上都得到了飞跃,更有利于QTL的精细定位。 将与生长相关的四个表型数据进行QTL分析,共鉴定出11个QTL位点,由于检测的四个表型间关联性较高,故鉴定出的QTL位点分布在和lg2,lg5,lg15,lg20四个连锁群中的6个标记附近,这6个标记分别是m583,h283,f304,f1574,m2309,f646。其中m583,h283在四个性状特征中均有,且m583的LOD值最高,f1574,m2309单独分布在与体重相关的性状中,f646单独与体高相关,单个QTL可解释的表型变化在14.4%-22.7%。通过GWAS关联分析,可以看出QTL定位区域与关联分析的-log(p)值在趋势上有较高的一致性,说明该结果可靠性强,能为草鱼的分子标记育种提供有力的证据。 此外,在整理实验室历年资料的过程中,鉴定了锚首虫(单殖吸虫)一新种并撰写论文。该虫几丁质结构与河鲈锚首虫在整体上很相似,尺寸略大,背联结棒上有两个突起,背中央大钩基部较后者更粗壮,且在近钩顶处有一明显的小凹。
Language中文
Document Type学位论文
Identifierhttp://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/31150
Collection水生生物分子与细胞生物学研究中心_学位论文
Recommended Citation
GB/T 7714
黄晓丽. 草鱼生长性状的QTL研究和锚首虫新种的鉴定, Studies on QTLs for Growth Traits of Grass Carp (Ctenopharyngodon idellus) and Identification of a New Ancyrocephalid Species (Monogenea)[D]. 中国科学院水生生物研究所,2017.
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