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鲤科鱼类散在重复序列新发现:Sine家族反转座寄生于line家族
童超波; 何舜平
2009
Conference Name-
Source Publication第五届广东、湖南、江西、湖北四省动物学学术研讨会论文摘要汇编
Conference Date-
Conference Place-
Abstract短散在重复序列(SINE)和长散在重复序列(LINE),广泛存在于真核生物中并占据着基因组相当大一部分,它们通过反转座的形式不断插入到基因组染色体的新座位,实现自身数目的增殖。由于其反转座插入的不可逆性和独立性,它们被认为是研究物种类群系统发育关系和群体遗传学的绝好标记。本学科组首次报道将磁珠分选系统运用于分离散在重复序列,将单链探针绑定到磁珠上,和酶切后经少量PCR放大的基因组片段库杂交,通过一系列洗脱将非目的未杂交片段除去。与传统的构建基因组文库转膜杂交分离的方法相比,该策略大大缩短了实验周期,提高了最后产出效率,节约了成本,且操作简便。通过该方法,我们在鲢和鳙中分离得到了一个SINE家族(HAmo_SINE)和LINE家族(HAmo_LINE)。该SINE家族具有典型的结构,拷贝之间序列差异非常小,两端都有明显的TSD(target site duplication),拷贝座位PCR测试显示这些拷贝插入的时间非常短,表现出物种特异性或个体染色体异质性,这些特征均表明该SINE家族非常年轻。荧光定量PCR结果显示该SINE家族在鲢和鳙中的拷贝数分别为2×10~5和1.7×105。同时,我们也分离得到许多LINE序列,并通过walking方法扩增其上游序列,最终确定了1.3Kb LINE序列,通过鉴定,我们发现其是该LINE家族属于LINE2类型,是其他鱼类LINE2的同源物。该SINE家族和LINE家族具有相同的尾部序列(42bp左右)和尾部序列二级结构,该区域已经被证实是反转座酶的识别区域,因此,我们推断该年轻的SINE家族借助其基因组内对应的LINE编码的反转座酶系统完成自身近期的不断插入增殖。通过分析我们发现UAmo_SINE和鲑鱼中的SmaI,FokI家族序列高度相似,但是其各自具有不同的家族特异区表明它们是独立进化产生的,但是它们在各自基因组内寄生的LINE家族却是同一个起源。
Document Type会议论文
Identifierhttp://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/14540
Collection会议论文
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GB/T 7714
童超波,何舜平. 鲤科鱼类散在重复序列新发现:Sine家族反转座寄生于line家族[C],2009.
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