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斑马鱼IFIT家族基因的鉴定及表达特征
Alternative TitleIdentification and Expression Characterization of IFIT Family Genes from Zebrafish Danio Rerio
刘颖
Subtype硕士
Thesis Advisor张义兵
2010-07
Degree Grantor中国科学院水生生物研究所
Degree Discipline遗传学
Keyword鱼类, Ifit家族,tpr结构,诱导,启动子,分子进化
AbstractIFIT家族由具有TPR结构域并受到干扰素诱导表达的蛋白组成,在哺乳类(人类和小鼠)发现有四个成员,其中人IFI56被证明是受干扰素诱导后表达量最高的基因。然而,鱼类是否存在与哺乳类类似的IFIT家族基因、以及是否具有相似的表达特征还不清楚。 本论文利用已经公布的模式动物的基因组数据库和相关的蛋白数据库,通过同源比对分析,共搜索得到了141个和IFIT家族同源的蛋白。在斑马鱼,共鉴定了10个IFIT家族成员。 斑马鱼IFIT家族成员分别分布于斑马鱼基因组的第5号、12号、13号和17号染色体上。其中5号和13号染色体各有一个成员,命名为DrIFIT5A和DrIFIT13A。12号染色体上有5个成员:DrIFIT12A、DrIFIT12B、DrIFIT12C、DrIFIT12D、DrIFIT12E,17号染色体上有3个成员:DrIFIT17A、DrIFIT17B、DrIFIT17C,都呈串联分布。染色体区段共线性分析结果显示,包含哺乳类、鸟类和斑马鱼IFIT家族的染色体区段的上下游基因具有保守性。基因内含子和外显子结构组成分析发现包括鱼类在内的IFIT家族成员均在基因5’端的起始密码子附近有一个内含子。TPR结构域分析显示DrIFIT17A、DrIFIT17B和DrIFIT17C有6个TPR结构域,DrIFIT5A和DrIFIT13A有7个,而DrIFIT12A、DrIFIT12B、DrIFIT12C、DrIFIT12E有8个TPR结构域,与哺乳类IFIT家族基因存在多个TPR结构域的情况一致。进化树分析表明鱼类、两栖类、鸟类和哺乳类的IFIT基因起源于共同祖先,但是相互之间不是直向同源的进化关系。 进一步分析了斑马鱼IFIT家族基因的表达调控。RT-PCR分析表明,除 II DrIFIT5A、DrIFIT12A和DrIFIT12D外,Poly I:C处理ZFL细胞能诱导斑马鱼IFIT基因的转录水平上调。与Poly I:C诱导表达相符,斑马鱼IFIT家族基因启动子具有ISG基因特有的典型ISRE结构域。荧光素酶活性实验表明,Poly I:C、重组IFN蛋白、以及IRF3和IRF7能诱导除DrIFIT5A以外的其他斑马鱼IFIT家族基因的启动子活性。实验结果证明,斑马鱼IFIT家族基因也是干扰素诱导表达基因;在PolyI:C诱导过程中,IRF3和IRF7可能具有重要的调控作用。
Pages99
Language中文
Document Type学位论文
Identifierhttp://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/12944
Collection鱼类生物学及渔业生物技术研究中心_学位论文
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GB/T 7714
刘颖. 斑马鱼IFIT家族基因的鉴定及表达特征[D]. 中国科学院水生生物研究所,2010.
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